ICM-Pro是功能强大的蛋白质结构分析和桌面建模软件！提供与蛋白质数据库（PDB）的直接链接，方便生物学家更快的进行结构分析。能够更好的查找和识别任何一种蛋白质。交互式编辑器让用户能够更好的进行编辑和修改操作。此外，还提供警惕分析工具，准确全面的评估PDB文件中包含的底层晶体学信息。也提供独特的工具将完全连续的柔性小分子配体与网格相互作用电位表示的蛋白质对接。包含经过充分验证且成功的蛋白质-蛋白质对接算法，准确的进行预测和分析操作
安装激活教程
1、在本站下载并解压
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新功能
1、新的千兆搜索库可用
Enamine Real（5亿种化学品）和ZINC2现在可以通过MolCart Giga搜索或ICM通过化学品搜索窗口获得。
2、扭转曲线神经网络预测引擎
此工具可与GUI中的旋转扭转工具和ICM 3D配体编辑器一起使用。这里有一个免费的在线演示版本，你可以在这里阅读更多。JCIM将很快发表一篇描述这种方法的论文。
3、配体的质子化态与pH
值您可以使用MolSoft的pKa模型对质子化态与pH值进行以下分析：
绘图浓度与pH值的关系
绘图费用与pH值的关系
列出pH值下的物种
4、新的压缩筛选数据库-大幅缩小尺寸并提高效率
新的GIGA大小的文库可用于使用RIDE进行筛选，包括：NIH-SAVI，Enamine REAL，WUXI Galaxi。新的RIDE格式数据库的下载链接在这里。
RIDE现在支持从GUI或命令行一次运行筛选多个数据库。
引入了压缩的新RIDE数据库格式，该格式使用的磁盘空间减少了~4-6倍，读取速度更快。
5、自动化PROTAC建模PROTAC
正在吸引人们对调节药物靶标的极大兴趣。在最新版本的ICM中，您可以自动模拟靶蛋白和E3泛素连接酶与PROTAC分子之间的相互作用。建模可在GUI中或通过protacModel.icm脚本获得。
6、肽对接
开发了用于肽对接和筛选的新GUI界面。其他新功能包括：
具有非天然氨基酸修饰的扩展.se多肽序列格式，例如TRP{hz3_F}是5-氟色氨酸。Format还支持残渣-残渣交联“订书钉”的建模。
二级结构偏差或约束，例如，在对接期间可以保持肽α-螺旋。
7、GPU加速分子动力学（MD）
具有GPU加速的MD包含在版本3.9-3（Win，仅限Linux）中，它使用OpenMM中的函数
8、按蛋白质结构相似性
搜索PDB搜索查询蛋白质结构、口袋或折叠，并比较与PDB中其他结构的相似性。报告了类似蛋白质的完全交互式命中列表。
9、组织感受组学组织感受组学
（HR）平台由GeneCentrix开发，报告药物分子的组织特异性分析。它是一个独特的生物信息学平台，旨在识别活性机制并预测化学物质在靶组织和脱靶组织中可能产生的不可预见的影响。新的ICM版本具有人力资源平台的交互式界面和分析工具。
10、新的神经网络虚拟筛选分数，用于在对接筛选和3D配体优化
中获得更好的化合物排名RTCNN评分是MolSoft为基于结构的对接和筛选而开发的新神经网络评分。RTCNN是一个C卷积N eural Net，包括执行Topological（化学图）卷积和3D R无位卷积的层。
11、原子属性字段-基于配体的筛选
_chemSuper中添加了一些新选项，包括仅用于形状匹配的-shape，以及用于匹配刚性的选项已添加到GUI中。
12、Pi-Pi相互作用。
显示分子中的Pi-Pi相互作用
阅读感兴趣的分子。
单击支付选项卡中的Pi-Pi交互按钮。见下图。
所有pi-pi交互都将在显示屏中显示为虚线，并列在ICM工作区中。
您可以通过单击并按住pi-pi交互按钮来更改pi-pi最大距离参数。
使用帮助
转换为ICM对象
1、加载蛋白质结构
有几种方法可以读取ICM的蛋白质结构。
使用“搜索”选项卡搜索PDB。
加载已使用“文件/打开”保存在计算机上的PDB文件。
2、将PDB文件转换为ICM对象
如果要在ICM中进行任何类型的能量计算（例如对接，显示H键，显示静电和结合性能表面等），则必须将蛋白质或化学物质转换为ICM对象。请注意，由于内部坐标系的性质，在转换时，ICM会添加缺失的侧链原子（但不会尝试构建缺失的环）。添加的残基/原子列表显示在命令行shell中，可以查看。作为参考，原始PDB条目保存在系统中。有关转换过程的更完整描述，请参阅命令行手册。
注意：在将蛋白质结构转换为ICM对象之前，请确保结构中包含的化学物质（例如配体）是正确的。如果发现错误，您可以按照此处所述编辑配体。
要将PDB结构转换为ICM对象，请执行以下步骤：
在ICM工作区中右键单击要转换的蛋白质的名称。
将显示一个对话框，如下所示。
如果要删除水分子，请选择“删除水域”
如果要优化氢原子（推荐用于重要工作），请选择优化氢。此选项对氢进行全局优化，以找到最佳的氢键网络。
如果要优化His、Pro、Asn、Gln、Cys残基的方向，请选择optimizeHisProAsnGlnCys。以下残基将进一步优化：将尝试他的-三种质子化状态和两次旋转，残基将根据其亚型重命名：hie（ε互变异构体）或髋关节（+）。Asn和Gln-（将尝试180度翻转）。Cys-在Zn，Cu，Fe和Co附近到cym。
如果要保留PDB文件的副本，请取消选中选项替换原始文件。
转换后的结构可以通过检查显示结果立即显示
如果您希望ICM构建PDB中未报告的缺失重原子（由于缺乏密度），请取消选中隐藏缺失侧链框，它们将根据残基名称添加并分配零占用。如果要隐藏缺少重原子的残基，请选中此框。
如果您的对象是ICM对象，它将在ICM工作区中的分子旁边显示ICM。
3、如何编辑化学品并将其从PDB转换为ICM对象
蛋白质数据库没有存储任何关于共价键类型和与蛋白质相互作用的化合物的正式电荷的信息！这种疏忽使得不可能自动将这些分子转化为任何合理的分子，并且需要您在pdb条目中手动交互式分配每种化合物的键类型和正式电荷。因此，如果将转换命令应用于带有配体的pdb条目，配体将变成一些无法进一步构象优化的残缺不完全分子。
因此，请按照以下步骤将化学品从pdb形式正确转换为正确的icm对象。有两种方法可以通过ICM工作区（推荐）或通过图形显示来执行此操作。
1）使用ICM工作区从PDB转换化学品：
文件/打开.PDB
通过展开分子树在ICM工作区中查看配体（见下文）。
更改保证金订单：
通过选择债券（以红色突出显示）更改债券订单。
右键单击并选择所需的债券，如下所示。
注意：提供键盘快捷键以加快编辑速度。
改变原子和电荷：
通过选择原子（以红色突出显示）来更改原子或电荷。
右键并选择所需的原子或电荷，如下所示。
注意：提供键盘快捷键以加快编辑速度。
在MMFF力场中转换为3D：
对配体进行更改后-右键单击ICM工作区中的配体名称，然后选择从对象移动。
通过在ICM工作区中双击选择配体。
选择分子力学/ICM转化/化学
注意：如果您需要添加额外的键，则需要使用完整的分子编辑器。右键单击ICM工作区中的配体名称，然后选择编辑/编辑化合物。
2）如何使用图形显示从PDB转换化学品
通过右键单击导线表示按钮以导线化学样式模式显示分子（请参阅导线表示部分）。
要更改配体中的键类型：
单击MolMechanics/编辑结构/设置键类型，将显示设置化学键类型数据输入框。
您可以使用矩形或套索选择按钮选择（请参阅选择菜单部分）要以图形方式更改的原子，或者
您可以选择“按两个原子”选项卡，右键单击要更改的原子，然后用鼠标左键选择原子描述符，如下所示。
选择所需的键类型，可以是单键、双键、三键还是芳香键。
要设置化合物的正式电荷：
单击MolMechanics/编辑结构/设置正式电荷，然后选择适当的电荷。
最后一步是将化合物转换为ICM对象：
选择化学品（图形显示中的绿色叉号）。
分子力学/ICM转化/化学