Strand NGS是一个针对下一代测序数据的分析平台，支持广泛的工作流程，用于分析和可视化RNA-Seq数据。可以检测SNP，InDels，CNV和其他SV。 功能预测可以使用SIFT，Polyphen2，LRT，MutationTaster进行，并进一步注释来自dbSNP，COSMIC等的信息。支持使用 PICS 和 MACS 检测峰值。鉴定TF调控结合位点、受影响的基因和组蛋白修饰位点。发现重要的图案，并根据JASPAR进行验证。支持小RNA种类的定量，包括miRNA，snRNA，snoRNA和scRNA。它还有助于鉴定差异表达的基因及其相应的mRNA靶标。支持甲基化检测，跨样品/靶区的差异甲基化分析，以及通过GO，途径分析等对受影响基因列表进行生物学解释。设计和工程时考虑到了生物学家。能够分析下一代测序（NGS）实验产生的数据。为下一代测序数据提供分析、管理和可视化工具。支持 RNA-序列、DNA-序列、ChIP-序列、甲基序列、MeDIP-序列和小 RNA-序列实验的工作流程！
安装激活教程
1、在本站下载并解压
2、安装程序，勾选我接受协议
3、安装目录设置
4、安装完成，将crack中的bin文件夹复制到安装目录（C:\Program Files\Strand\StrandNGS）
5、运行应用程序一次，显示“许可证激活”窗口，然后关闭应用程序
6、将“strand.lic”文件复制到C:\Program Files\strand\StrandNGS\bin\license
功能特色
1、原始读取对齐方式
从Illumina、ABI、454（罗氏）、Ion Torrent和Pac Bio等测序平台导入并比对读取序列。
支持fasta、fastq和标记计数格式。
DNA序列/ChIP序列/MeDIP序列的DNA读数比对。
小RNA和RNA读数的比对。
2、进口
从各种测序平台导入预比对的读取序列。
支持单端、成对端、配对和定向库类型。
通用文件格式，包括SAM、BAM和供应商格式，如Illumina的ELAND软件包中的压缩或未压缩格式。
特别支持导入Illumina的MiSeq文件。
3、QC和预处理
通用QC图，用于可视化读取序列的质量。
校准QC图，用于评估校准匹配的质量
平台特定QC图（如适用）。
用于筛选读取序列的预处理步骤的集合。
4、应用程序
ChIP-Seq分析：启动子结合和甲基化位点测定，基序鉴定。
甲基序列分析：甲基化检测，差异甲基化胞嘧啶/区域的鉴定。
MeDIP序列分析：甲基化检测，差异甲基化区域的鉴定。
DNA变异分析：SNPs，短InDels，效应分析，长缺失，插入，易位，反转，拷贝数变化。
RNA序列分析：多种注释模型、基因和转录物定量、新基因检测、差异表达、交替剪接、SNPs、基因融合和新剪接连接。
小RNA分析：小RNA基因和成熟miRNA的定量，新小RNA基因的检测，差异表达，miRNA靶点检测
5、可视化
基因组浏览器：一个功能丰富且直观的基因组浏览器，以高效的方式将输入数据、分析结果和注释可视化在一起。
基因视图：在RNA序列和小RNA分析实验中，一次一个地检查基因的方便可视化。
特定于应用程序的用户界面，用于更好地可视化各种分析步骤。
6、下游分析和公用事业
能够无缝衔接从测序到基因及其他方面的差距。
能够导出、导入和操作数据结构，例如用于自定义分析的区域列表。
使用帮助
1、质量检查
工作流浏览器的“质量检查”部分提供了对几个质量相关分析的访问。Strand NGS中的各种QC指标有助于识别测序数据的质量。可以检查测序数据的以下特征：
基础质量、制图质量和覆盖分布。
目标富集程度。
通过重复读数的比例观察到的PCR伪影的流行率。
读取状态的分布，如配对缺失、配对远等（仅适用于配对末端和配对读取），这表明样本中存在潜在的结构变体（SV）。
通常，质量控制步骤可用于就以下方面做出决定：
运行适当的筛选器以从后续分析中删除不需要的读取。
在定量、SNP、SV或甲基化检测分析的分析步骤中设置适当的参数和阈值。
注：
在对齐实验中，可用的各种QC图在工作流浏览器中分为两类：对齐前QC和对齐后QC，而在分析实验中，所有这些图都合并到一个称为“质量控制管理器”的工作流步骤中。除了这些QC图之外，还提供了以下QC步骤：
修复配对状态-质量检查工作流程中的此选项可修复配对末端/配对数据情况下读取状态中的任何不一致。
目标区域QC-质量检查工作流程中的此选项为选定的目标区域列表提供与覆盖范围相关的统计信息。
目标富集QC-在目标测序实验的情况下，质量控制经理提供额外的QC指标和图，以深入了解目标测序的质量和有效性。
2、质量控制经理
质量控制经理（QC Manager）是要应用于数据的所有QC分析的集合。多个QC选项在Quality Control Manger窗口的左侧面板上组织为树状层次结构，而QC图和度量在右侧面板中显示为目标富集QC、预校准QC、后校准QC、Illumina QC（用于Illumina平台）和库QC的多个选项卡，如图4.1所示。
目标富集QC、对准前QC、对准后QC指标，以及在Illumina实验的情况下，Illumina QC图，默认情况下是在从测序数据文件创建新实验期间计算的。但是，可以通过选择所需的库QC指标并单击顶部的计算按钮来计算库QC。类似地，在甲基序列实验的情况下，甲基化QC图默认不计算，需要使用“计算”按钮明确计算。以下详细描述了除甲基化QC外的所有这些QC图，而甲基化QC在第7.2.3.3节中进行了描述。
QC Manager还提供了“生成PDF报告”选项，以将计算的QC指标和绘图导出为PDF文件。
注：
QC Manager对实验的活动（选定）读取列表进行操作。默认情况下，“所有对齐读取”是活动读取列表。
默认情况下，在新实验创建过程中，目标富集QC、对准前QC和对准后QC度量是根据“所有对准读取”计算的。因此，在“所有对齐读取”上启动QC Manager后，将显示与之对应的QC图和度量。但是，必须通过选中树层次结构中的框来明确计算库QC。
如果未计算任何特定的QC，则会显示消息“未找到此视图的数据集”。
对于Illumina数据，“按瓷砖的基准质量”和“按瓷砖对齐质量”默认情况下会出现在排序的数据文件中。无论在实验创建（即，使用现有实验的文件/样本/副本创建的实验）和活动读取列表中的选择如何，默认情况下都会显示这两个指标。