Thermo ProSightPC是唯一一个有效支持在LTQ上进行高质量精度MS/MS实验的蛋白质组学软件套件！ProSightPC应用程序首先创建了一个新的蛋白质组数据库，称为PTM仓库或蛋白质组仓库。然后，它收集特定生物体的完整蛋白质序列，以及已知修饰的信息，并将其加载到蛋白质组仓库中。在加载过程中，ProSightPC应用程序计算已知修饰的所有可能组合，并将其与单核苷酸多态性（SNPs）和序列变体一起应用于每种蛋白质序列，这一过程称为霰弹枪注释。接下来，它将从自上而下和中间向下/自下而上的蛋白质组学MS/MS实验的质谱数据推断出的质量值导入ProSightPC上传格式（PUF）文件。ProSightPC应用程序随后在适当的蛋白质组数据库中搜索这些质量值并进行比较。
安装激活教程
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功能特色
1、ProSightPC应用程序
ProSightPC应用程序可以处理大量搜索，以帮助您识别和表征高分辨率数据的蛋白质和肽。它可以创建用于批处理的自动迭代搜索，包括带有决策点的搜索树，以帮助创建有用的搜索。它支持超高分辨率MS/MS数据，例如自上而下和中间向下/自下而上的LC/MS/MS数据。
ProSightPC应用程序在一个PUF文件上运行，该文件打开后会上传到内存中，并可用于各种搜索和数据可视化工具。此外，ProSightPC应用程序还包括几个工具，用于从赛默飞世尔科学公司的原始数据文件中导入LC/MS/MS和串联MS数据，识别和消除化学噪声峰值，以及执行其他实用功能。它可以以原始数据格式、ProSightPC上传格式（PUF）或存储库处理和存储数据。
2、蛋白质组仓库
ProSightPC应用程序创建蛋白质组仓库，这些仓库是用于识别和表征蛋白质数据的数据库集合。它包含基于其测序基因组的特定生物体的所有蛋白形式。它存储许多类型的信息，包括已知和预测的蛋白质序列、翻译后修饰（PTM）、交替剪接形式和编码SNPs（cSNP）。蛋白质组仓库包含单同位素和平均质量信息，并被组织以促进蛋白质鉴定和表征。蛋白质组仓库中的每个生物体都接收自己的数据库。您可以从UniProtKBXML和平面或FASTA格式的文本文件创建自定义数据库。
仓库中的数据库是SQLite关系数据库，您可以使用其他第三方应用程序查看这些数据库。此外，您可以在计算机之间移动它们。ProSightPC应用程序搜索这些数据库，试图找到与从自上而下和中间向下/自下而上的蛋白质组学MS实验的质谱数据推断出的质量值的匹配。ProSightPC应用程序支持创建自上而下和中间向下/自下而上的数据库：
•自上而下（无样本蛋白水解）数据库是围绕完整的蛋白质序列以及生物系统中可能发生的一切建立的。
•中间向下/自下而上（样品蛋白水解）数据库是围绕活生物体外蛋白水解产生的肽序列建立的。如果样品制备方案中涉及胰蛋白酶或赖氨酸-C或任何其他蛋白水解剂，请选择此设置。
3、搜索类型
ProSightPC应用程序支持此表中显示的搜索类型。每个搜索引用的主题都包含运行搜索的建议。
4、迭代搜索
您可以在ProSightPC应用程序中构建一个自动的、迭代的、基于分数的搜索树。您可以选择预定义的搜索、指定条件、选择操作和选择类别。所有实验都经过第一级的搜索逻辑，接下来采取的行动取决于每个实验的搜索结果。如果实验结果通过您设置的条件，例如，如果至少有一个匹配的蛋白形式收到的期望值（e值）小于1E-4-，则可以将实验加载到所选类别，或者指示执行第二级搜索。该图说明了这种方法。
ProSightPC界面支持两个级别的搜索，但如果您是高级用户，则可以通过编辑包含搜索树的XML文件来定义具有无限级别的搜索树。
5、数据库管理器
数据库管理器为管理蛋白质组仓库和存储库提供了一个点击式环境。它导入和导出ProSightPC蛋白质组仓库（PSCW）文件和存储库（PSPH）文件，使您能够创建自己的蛋白质组数据库和存储库。PSCW和PSPH文件采用自定义格式，其中包含数据库、修补程序和存储库。
6、数据管理器
数据管理器是ProSightPC图形用户界面的一部分，它提供了与单个MS/MS实验相关的所有信息的可视化表示。使用它可以查看单个实验的所有信息。您可以使用其上下文相关控件来确定显示的信息。
7、序列凝视器
序列凝视者™在ProSightPC图形用户界面中是用于将MS/MS数据与已知蛋白质序列进行比较的交互式环境。序列凝视器通过选择性地向蛋白质序列中的氨基酸添加或去除PTM或定制物质来表征先前鉴定的蛋白质。一旦你对氨基酸进行了所有的修改，你就可以重新评估离子数据了。您可以使用序列凝视器来测试关于存在哪些PTM的假设。你也可以用它来完全表征蛋白质。搜索单一蛋白质解释了如何使用序列凝视器进行单一蛋白质搜索。
8、ProSight精简版
ProSight-Lite是一个单独的免费软件，您可以使用它来查看单个蛋白形式的结果并生成可供发布的片段图。
9、实验管理员
实验管理器提供了一个简单的界面，用于管理PUF文件中的多个MS/MS实验。
10、PTM层编辑器
ProSightPC应用程序将所有PTM分组为多层结构，使您能够快速查找和选择PTM。使用PTM层编辑器包括或排除PTM，并查看和更改PTM的层分配。
11、片段预测器
片段预测器获取已知的蛋白质序列，并返回所有可能的b、y、c和z片段离子质量。您可以使用它向蛋白质序列中的任何氨基酸添加PTM或任意自定义质量，并查看预测的片段离子质量。有关碎片预测器功能的信息，请参阅使用碎片预测器查看碎片离子。
12、字体转换器
字体转换器将文本转换为ProSightPC片段地图字体，用于显示N端和C端片段。
使用帮助
LC/MS/MS工作流
以下是使用具有LC/MS/MS数据的ProSightPC应用程序所涉及的一般步骤：
1.（可选）设置ProSightPC选项的默认值。请参见设置默认选项。
2.加载蛋白质组仓库。ProSightPC应用程序使用霰弹枪注释将序列和PTM信息应用于蛋白质组仓库中的蛋白质组数据库。每个蛋白质组只进行一次该程序。有关此过程的信息，请参阅导入或创建蛋白质组数据库。
3.自定义用于进行搜索的化学修饰。请参见编辑修改。
4.指定要执行的搜索类型，并设置该搜索的参数。请参见搜索数据库，特别是创建预定义搜索。
5.使用高吞吐量向导执行以下操作：
a.将原始数据或PUF文件导入ProSightPC应用程序。
b.如果导入原始数据文件，请选择Xtract或THRASH算法来解释解析的同位素分布，并在PUF文件中输出中性质量值。
c.定义一个迭代搜索树。
d.创建一个存储库，用于存储搜索结果。
e.执行搜索。
ProSightPC根据蛋白质组仓库搜索中性质量数据。它识别并表征观察到的蛋白质。
有关使用“高吞吐量向导”的信息，请参阅使用高吞吐量向导处理LC/MS/MS数据文件。
6.在用户界面中查看结果、查看报告或生成存储库报告。有关查看搜索结果的信息，请参见查看搜索结果。
此图说明了这种流程。
ProSightPC向导工作流