Spectronaut是一款进行DIA数据分析的商业化软件！为 DIA 数据的分析提供完整的解决方案，包括谱图库构建、数据质控、蛋白定量、统计分析、GO富集等。可实现大规模实验的快速分析，最多可实现高达10，000个run的分析。带来更为便捷的工作流程，扩展其功能，內置Pulsar搜库引擎，支持谱图库构建，GO功能注释与富集分析，自动数据校正，PTM DIA分析，海量（>10000）样本DIA，统计学分析个性化报告定制的等
Spectronaut 19 在定量、蛋白质组深度和可扩展性方面实现了重大飞跃。在引擎盖下，我们在集成到Spectronaut 19中的AI模型方面取得了实质性进展，从而提高了检测差异丰度肽和蛋白质的能力。
安装激活教程
1、在本站下载并解压
2、安装程序，默认安装完成即可，完成后运行一次立即关闭
3、将patch中的两个文件复制替换到Spectronaut软件安装目录，替换同名文件
默认：C:\Program Files (x86)\Biognosys\Spectronaut\bin
4、C:\Users\Administrator\AppData\Roaming\Spectronaut\18.5\data\
打开这个目录，一般会有自己的计算机名命名的文件夹，如果没有请复制计算机名，然后建立计算机名为命名的文件夹，如：
C:\Users\Administrator\AppData\Roaming\Spectronaut\18.5\data\自己的计算机名（必须复制粘贴计算机名）
5、然后授权文件复制到C:\Users\Administrator\AppData\Roaming\Spectronaut\18.5\data\自己的计算机名这个目录下
6、断网打开程序（打开后连不联网无所谓，只是打开时断网即可，要不火绒设置Spectronaut这个文件夹阻止联网也很方便）
软件功能
一、搜库引擎
1、DDA数据库检索
相较于MaxQuant软件，肽段数目提高6%-20%；数据检索速度提高2-15倍
2、DIA数据库检索
兼具DIA数据搜库功能
利用DIA数据建立谱图数据库
3、支持的数据类型：
Thermo ScientificTM（DDA，DIA and PRM）
SCIEX（DDA and DIA/SWATHTM）
Bruker（DDA/DIA）
Waters（DDA）
二、基于Spectronaut的directDIA2.0
1、DIA搜库引擎
DIA数据库检索功能使得DIA数据解析摆脱了依赖于DDA的谱图数据库，基于深度学习算法，检测灵敏度接近分级DDA建库数据
2、新一代Label Free蛋白质组学技术
实验设计简单，类似于传统Label free技术
数据采集采用DIA模式，提高蛋白鉴定率以及实验重复性
三、PTM DIA分析
挑战：
较宽的隔离窗口→复杂的混合谱
机遇：
1.能获得所有碎片离子完整的同位素峰分布
2.能获得所有碎片离子的洗脱曲线
打分标准：
同位素分布
碎片离子强度
质量偏移
XIC相关性
PTM DIA能够获得更高的组学覆盖度、定量准确度及灵敏度
没有二级信号的丢失，所有precursor都进行碎裂
MS2增加了保留时间维度的信息，提高了位点定位的可信度
四、BoxCar DIA
提高MS1的动态范围 → 提高DIA灵敏度
技术原理：
将一级扫描进行分段累积，从而达到对低丰度信号的富集，并且避免高丰度信号对于低丰度信号的抑制，从而提升一级扫描的动态范围
适用范围：
更适用于动态范围极高的样本类型的定量分析，例如血液、脑脊液等体液样本
新功能
破纪录的鉴定：Spectronaut 19 为您带来比以前更多的鉴定。
更多生物学相关靶点：通过更灵敏地发现候选物，使您的实验更具可操作性。
对前组学工作流程的扩展支持： 改进了对 plexDIA 工作流程的支持，包括特定通道的条件设置和基于通道的差异分析。
通过改善 RAM 消耗来简化大规模实验： 解决现代大规模蛋白质组学分析的主要挑战之一。
更好的云支持： 新的工作流使云支持更加高效。
Spectronaut继续提供破纪录的蛋白质鉴定率。与Spectronaut 18相比，第19版的蛋白质鉴定平均增加了10%，前体鉴定增加了14%，CV鉴定率分别提高了10%和16%，<20%）。
您可以确信，使用Spectronaut在不同的仪器、梯度长度、样品类型和复杂度上获得最佳的蛋白质覆盖率。
大多数DIA实验的目标是发现差异表达的分析物。为了对此进行基准测试，我们在 10 种不同的条件下以不同的数量将“拟南芥”和“秀丽隐杆线虫”加入“智人”背景中。CQE在布鲁克的timsTOF HT上以三种不同的梯度重复。
使用Spectronaut 19，每次分析都能在不同的梯度长度和倍数变化（无论大小）上提供更多生物学相关的靶标。由于对候选物的发现更敏感，这使得实验更具可操作性。
Spectronaut 19 引入了对 plexDIA 工作流程的扩展支持，包括通道特定条件设置和基于通道的差分分析，以及通道级 FRD 控制的新选项。
使用 Spectronaut 19 进行分析改进了 3 重二甲基标记样品 （M. Thielert et.al.， Mol Syst Biol 2023） 和 3-plex mTRAQ （J. Derks et al.， Nature Biotechnology 2023） 的通道 ID 和蛋白质组的鉴定。
这个新版本的Spectronaut还为对角线对PASEF的分析提供了新的支持，并通过引入输入函数和PTM化学计量法的归一化，扩展了对PTM工作流程的支持。
使用Spectronaut 19，您现在可以显著改善RAM消耗，从而简化大规模实验。
这是 Spectronaut 19 为应对现代大规模蛋白质组学分析挑战而提供的众多改进之一。