Thermo Scientific Proteome Discoverer使用可帮助用户彻底简化众多蛋白质组工作流程！作为一个专业的软件，您可以使用它创建样本类型、研究因素和量化通道并将其映射到数据文件，从而简化和集成研究管理！更方便的鉴定和定量分析复杂生物样品中的多肽和蛋白质，Proteome Discoverer软件支持多种解离技术、定量技术和数据库搜索算法，可进行全面的蛋白质鉴定、表征和定量。采用MSAID出品的智能INFERYS Rescoring和CHIMERYS搜索引擎，深入搜索、探索和研究，旨在实现大幅增加特异性多肽鉴定的数量的结果！该软件实现了人工智能支持的全面蛋白质组学数据处理工作流程！独特的统计和可视化工具让您能够更直观、自信地解释您的数据，提升能力，将分析提升到全新的水平。
安装激活说明
1、在本站下载并解压
2、根据提示安装程序
3、安装完成，将补丁复制替换安装目录中，替换（默认C:\Program Files\Thermo\Proteome Discoverer 2.5\System\Release）
4、打开运行（如授权补丁尚未加载的时候，第三次打开会加载permanent最高权限）
新功能
新功能此版本包含以下新功能或增强功能：
•Prosit衍生MS/MS预测
•从外部文件导入研究因子
•TMT量化改进
•富集分析服务
•更新的注释服务
•SureQuant方法开发节点
•PTM分析的改进
•研究信息表
•多线程MSPepSearch
•作业队列优先级
•更新的Percolator节点
预言
有两个新功能利用了一种新的基于深度学习的HCD MS/MS频谱算法
预测：
•全谱库预测
光谱库管理页面包括一个新选项，用于创建计算机预测的HCD光谱
库。
•INFERYS救援
此节点连接Sequest HT和Percolator节点。它读取正向和反向的所有肽ID
Sequest HT命中，预测每个肽序列的光谱，比较理论和实验
光谱，并计算用于输入到Percolator中的额外特征。包含此节点的工作流产生更多
在给定FDR阈值和任何给定命中下的肽鉴定可以显著提高置信度。
Proteome Discoverer 2.5发布说明
修订版A，XCALI-98198
2.
研究因素
从导入
外部文件
用户可以定义他们的学习因素、相关的拳法以及将学习因素映射到拳道
在Excel或制表符分隔的文本文件中。“新建研究和分析”对话框包含一个用于接受此文件的新参数。
改进
TMT
量化
共识工作流中的Reporter Ions Quantifier节点包括新的Minimum Occupancy%参数，
其拒绝具有太多缺失值的用于蛋白质定量的肽。此功能最适用于
具有多个TMT丛和一个公共池通道的数据集。主成分分析、热图和样本丰度
图还包括在肽或蛋白质水平上的按比例丰度的下拉列表中的新条目。此外，研究
支持需要不同校正因子集的TMT数据集的集成。
富集
分析
服务
该特征有助于确定结果中所选蛋白质组的生物学背景。富集度分析
该服务使用这些蛋白质作为输入，生成一个生物途径、基因本体论术语或蛋白质家族的列表
那些在名单中明显过多或代表性不足的人。这个工具与火山结合使用最有用
图和热图，报告协同调节蛋白质的功能。
已更新
注释
服务
赛默飞世尔科技公司发布了一项新的注释服务，以取代通过
Proteome Discoverer 2.4版本。您仍然可以像以前一样下载FASTA数据库和蛋白质注释。这个
ProteinCard视图具有一组精简的信息，以反映简化的后端数据库。新服务将
也比上一次更新更定期。
SureQuant
方法
发展
节点
这两个新节点帮助用户在本地实验室部署新的SureQuant工作流。
•前体强度节点分析原始数据以进行调查，检测每个稳定同位素标记的肽
并返回用于定量运行的每个肽的峰值阈值。
•峰值边界节点检测目标肽的开始和结束保留时间，并生成文本文件
用于输入Skyline以实现一致的峰值积分。
这两个节点需要一个单独的许可证密钥，启用SureQuant的用户可以免费使用该密钥
质谱仪。这些节点不需要永久的Proteome Discoverer许可证。
改进
用于PTM
分析
本版本对PTM分析进行了一些改进：
•有一个新的更易于使用的用户界面用于定义新的PTM，包括一个用于定义
中性损耗和标记离子。MS/MS光谱将显示肽的中性损失和标记离子
其包括相关联的PTM。
•吉祥物节点包含一个用于容错搜索的新参数。
•频谱特性过滤器包括一个新参数，用于包括或排除MS/MS频谱，其中包括
特异性中性缺失或标记离子。
学习
信息
桌子
蛋白质组发现者的结果包括一个新的表格，报告了研究因素与泉通道的映射
如研究中所定义。因此，脚本节点
软件功能
1、强大而灵活的框架
对赛默科学复杂的采集方法生成的数据进行优化分析™ Orbitrap™ 质谱仪。在同一分析中轻松分析MS2和MSn数据或多种碎片模式。使用INFERYS的人工智能深入挖掘数据™ 救援与危机™ 智能搜索算法。将多个搜索引擎串联或并行混合匹配，以最大限度地利用专门构建的工作流获得见解。在可扩展框架内使用第三方开发的节点。
2、研究管理
对原始数据文件、搜索结果和量化方法进行综合管理。将研究因素映射到量化通道，以建立重复和统计分析，从而轻松地将结果与实验变量相匹配。
3、生物学注释
将已鉴定的蛋白质与基因本体论、基因符号和通路术语相匹配。使用富集分析进一步增强生物学解释，帮助将数据转化为生物学见解。
4、强大而灵活的结果可视化和解释
结果是分层呈现的，蛋白质、肽、肽谱匹配（PSM）和定量表之间有动态链接。轻松过滤数据，只查看那些主要感兴趣的结果。使用直接链接到其源表的交互式数据图来动态地与结果交互。通过火山图找出哪些蛋白质或肽是上调或下调的，哪些样本通过主成分分析图相关，或者使用热图可视化文件中的丰度模式。
自2009年发布以来，Proteome Discoverer软件已出现在多种蛋白质组学应用的数千份出版物中，包括：
•自下而上的肽和蛋白质鉴定
•无标签定量（LFQ）
•等压质量标记（包括Thermo Scientific™ 科技、媒体娱乐和通信™ 和Thermo Scientific™ TMTpro™) 肽定量
•单细胞蛋白质组学
•免疫肽组学
•元蛋白质组学
•使用Thermo Scientific自上而下的Proteoform鉴定和定量™ ProSightPD™ 软件
•使用XlinkX软件进行交联肽鉴定
•翻译后修改（PTM）分析
软件特色
1、综合
提供了可选择的搜索算法（SEQUEST™HT、Mascot、MS Amanda、Byonic™、ProsightPD™），而且多种算法的输出可以结合起来，以尽可能扩大和交叉验证结果
采用智能INFERYS Resccoring和CHIMERYS算法查找更多信息
支持多种解离技术（HCD、CID、ETD和UVPD），以实现更完整的覆盖范围和可靠的PTM鉴定
支持同量异位素质量标记（TMT、iTRAQ）、同位素标记（SILAC）和无标记定量技术
以错误发现率（FDR）来验证肽和蛋白质ID
2、高效且可扩展
自动分析数据，并通过预置和可定制的工作流程简化MSn数据分析
包括将定量分析对应至样品生物学信息的研究管理
使用结果来完善数据采集，例如导出纳入和排除列表，以便直接导入仪器方法
通过GO分类、PTM位点和来自于公共数据库的文献引用，对已鉴定出来的蛋白质进行自动注释，说明其生物学背景信息
加快数据对比、交换和验证，配合由HUPO蛋白质组学标准计划(PSI)开发的数据标准
支持第三方节点进行数据处理，并实现大型数据集的处理
以人工智能助力的快速、稳健的峰值选择和肽定量算法，可提取更多信息
获得可靠的统计数据，并可视化视验证定量结果
软件优势
1、自定义数据分析以实现最大覆盖范围
使用基于节点的工作流编辑器自定义数据分析。集成来自多个搜索引擎的数据库搜索结果，如SEQUEST，Mascot，MSAmanda，Byonic和Thermo Scientific ProSightPD。
2、执行相对定量
测量并报告同位素标记肽的相对表达水平：
TMT SPS MS1
糖肽鉴定和定量
磷酸肽鉴定和定量
自上而下的蛋白质组学
交联
使用蛋白质组发现器软件独有的复杂统计和可视化工具自信地解释您的数据。
3、访问工作流工具
利用多种第三方算法，这些算法还与我们的可视化和统计工具集成，将您的分析提升到一个新的水平。