Oligo v6 v7

Oligo 7是功能强大的引物分析软件,具有强大的搜索算法,提供友好的序列窗口,以及丰富的分析选项和搜索选项,支持批处理,Oligo的搜索算法可找到PCR的最佳引物,包括TaqMan、高度多重、共谋或简并引物。可以进行多文件批处理。您可以设计用于高通量分析的探针,对其进行多重分析,或专注于一组引物/探针,并针对尚未发布的新应用进行优化。Oligo 7已经从头开始重新编写,使其与不断变化的操作系统完全兼容。大多数源代码都是用Java编写的,处理器密集型部分是为特定硬件编写的,以最大限度地提高计算速度。

安装激活说明

1、在本站下载并解压
2、安装程序, 运行keygen,将Workstation Code复制到keygen中,生成Access Code,复制到软件中,点击Confirm Code

功能特色

1、新界面。
启动程序只显示一个但信息更多的窗口。Tm图显示了整个序列。图形显示最多4个(之前为2个)寡聚体的位置。该窗口还显示引物Tm、PCR产物、DNA(RNA)模板中的强环、寡聚体中的潜在环、回文、从注释中读取的特征以及其他数据。
2、新的热力学参数
Oligo 7实现了John SantaLucia(1,2)组装的统一近邻热力学。将合并单个失配和悬空端的值。这使熔化温度值的表达复杂化:Oligo报告标准熔化温度(没有失配和悬空端)为tm,失配和悬垂端为Tm
3、更多引物/探针选项。
介绍了选择4种寡核苷酸进行分析的能力。Oligo 6只处理了2个。这样做是为了能够搜索TaqMan探针和嵌套引物集。Oligo还可以自动搜索分子信标和siRNA。添加了一系列用户可编辑的设计约束,因此您可以搜索具有特定碱基或序列的寡核苷酸。
4、新的搜索条件和整个搜索算法。
Oligo 7在单个搜索过程中不再局限于固定长度的探针/引物。您现在可以为引物选择一系列长度。子搜索的数量增加了,所以你不仅可以限制3′-稳定性,还可以限制5′-末端的稳定性,以帮助siRNA的选择。此外,在模板中添加了对强发夹环的搜索。这本身不包括引物设计,但通过这种搜索,你可以避免难以扩增的区域。序列限制选项可以让你找到在3’和5’末端有特定碱基的引物。
还有一种选择是限制引物中鸟苷的数量,这大大提高了多路复用的可能性。
5、寡聚物和配对物的质量以单个数字进行评分
许多Oligo用户要求使用此选项,因为以这种方式找到最佳引物是微不足道的。不幸的是,不同的应用需要不同的方法,并强调引物/探针的不同参数或特征。这导致了一个相当复杂和用户可自定义的评分系统。然而,在大多数情况下,修改定义并不重要。
6、引物和探针搜索方案的增强
引物和探针搜索协议允许用户“锁定”每个参数,如Tm范围或3’稳定性⊗G设置,这样在搜索过程中可以更好地控制自动更改的严格性设置,即逐步放松每个参数。此外,用户可以根据启动效率而不是Tm来选择平衡PCR引物,Tm已被证明可以提供更好的扩增结果。启动效率算法已稍作修改。
7、OLIGO自动更新
在“帮助”菜单中,添加了“检查更新”项。这使得可以从MBI的服务器自动安装新版本。在以前的所有版本中,这都是一个手工繁琐的过程。
8、打开阅读框
这个新的分析窗口提供了所有ORF的信息,并提供了翻译蛋白质的基本信息,包括分子量和pKa。
9、同源性分析
除了假启动位点检查,你还可以查看同源位点。
10、批处理
现在,一次可以对大量序列文件进行引物和探针的搜索。这种类型的搜索结果会自动存储在结果文本文件中。
11、数据库功能
有了很大的改进。主要的变化是全自动多路复用的可能性。除了单个寡核苷酸存储外,数据库还可以存储引物集。您也可以直接从数据库菜单中检查寡聚体是否二聚化。
12、改进的功能
所有以前存在的窗口都经过了重新设计。它们有更令人愉快的图形,通常显示比Oligo 6更多的信息。有些窗口具有更大的功能。例如,您可以从引物列表(分析所选寡核苷酸窗口)中读取一致序列,或者从PCR窗口中读取四个而不是两个引物的信息。
Oligo 6仅与旧操作系统兼容,高达Windows 7和Mac OS 8,而Oligo 7与所有当前的Mac和Windows系统兼容(截至2018年12月)

使用帮助

起初,OLIGO的主菜单只显示屏幕顶部的菜单栏,直到加载序列文件或使用file-New命令输入序列文件为止。
加载或输入文件后,将显示OLIGO序列屏幕。
要在OLIGO的任何屏幕上调出菜单项,请使用鼠标下拉菜单。您也可以使用快捷键。快捷键显示在它在菜单中表示的命令的右侧。
当您使用OLIGO程序时,有些功能在给定时间可用,有些则不可用。OLIGO使用标准的系统约定,将无法在特定屏幕或特定时间访问的项目“灰显”。有关菜单项或选项何时可用的信息,请参阅本手册中的各个项目说明。
1、主菜单-Oligo
应用程序名称菜单(Oligo7)位于Apple和File菜单之间,仅在Mac中显示,包含以下项目:About Oligo、Preferences、Services、Hide Olgo、Hide Others、Show All和Quit Oligo。这些项目中的大多数在其他应用中是相同的。
2、主菜单-文件
“文件”菜单包括与打开现有序列文件、创建新序列文件、使用寡核苷酸数据库、保存数据、打印和退出相关的选项。在大多数情况下,您需要打开一个文件来执行此菜单和其他菜单下列出的功能。
3、主菜单-编辑
必须加载序列文件才能使用“编辑”菜单选项。在大多数情况下,OLGO会在编辑后提示您保存更改。
4、主菜单-分析
分析菜单包含您选择的程序选项,用于分析单个寡核苷酸、寡核苷酸组、寡核苷酸列表、PCR以及与特定寡核苷酸及其用途有关的其他信息。
5、主菜单-搜索
“搜索”菜单提供了对引物和探针、回文、子序列、限制性位点等的多功能自动搜索。
6、主菜单-选择
在“选择”菜单上,您可以选择引物和探针以及活性序列上的Current Oligo位置。所有这些也可以通过在序列窗口中单击鼠标来完成
7、主菜单-更改
更改菜单允许您更改寡聚体长度、DNA活性序列到RNA活性序列(或RNA到DNA)、搜索范围和参数、序列窗口中的读取框、反向翻译方法和密码子表。
8、主菜单-视图
使用“视图”菜单可以控制工具栏和状态栏在Windows版本中的显示。
9、主菜单-窗口
Windows版本中的“窗口”菜单允许您排列窗口,并将任何打开的窗口放在前面。
10、主菜单-帮助
这提供了对帮助主题的访问,并检查我们的服务器以获取OLIGO更新。

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