Primer Premier 6.0软件的主要功能分四种，即引物设计、限制性内切酶位点分析、DNA 基元(motif)查找和同源性分析功能，破解版64位功能更加的强大，使用起来也很方便
安装激活教程
1、在本站下载并解压
2、安装程序，勾选我接受协议
3、安装目录设置
4、用 Crack\RMToolkit.jar 替换 C:\Program Files (x86)\Primer Premier 6.0\http\Dwww.premierbiosoft.com\P80\DMIUpdater\DMPP\DM600 目录下的 RMToolkit.jar
新功能
1、新改进的搜索算法
新改进的搜索算法。
自动避免同源性和模板结构。
序列视图，用于可视化序列上的引物。
新改进的图形用户界面。
2、自动序列检索
使用登录/GI 编号和检测 ID 从 GenBank 和 dbSNP 直接快速检索序列批次到程序中。使用多重检索工具，可以从本地驱动器加载序列。
3、自动同源性和模板结构规避
引物特异性可以通过执行BLAST搜索和从程序中搜索模板结构来实现。在设计引物时，会使用这两种检索的结果。在引物设计过程中，会自动避开表现出显著交叉同源性和模板结构的区域。
4、评估预先设计的引物
Primer Premier对预先设计的引物进行分析和评估，并对其进行排序，以便您判断引物与所需目标值的距离。如果您正在使用已发布或预先设计的经过充分验证的引物，此功能特别有用。还可以评估多达 5 个错配的引物。
对于特定的底漆，Primer Premier甚至可以设计出兼容的套装。例如，对于预先设计或发布的正向引物，Primer Premier可以找到符合所有设计标准的兼容反向引物。
您可以评估正向/反向引物或引物对，甚至无需输入模板序列。Primer Premier显示所分析寡核苷酸的所有特性，并以HTML或csv文件格式导出。对引物进行排序，使您能够判断它们与目标值的接近程度。
5、手动引物搜索
Primer Premier 可在用户手中完全控制底漆设计。使用手动引物搜索选项，用户可以单击模板序列上的任何核苷酸，以在他们选择的位置获得引物。Primer Premier设计了一种引物，其3’端位于该核苷酸上，并立即分析其性质。引物的长度也可以根据用户的方便增加/减少。对于诱变和克隆，此功能有助于在其他受限区域内获得最佳设计。Primer Premier能够沿着DNA序列“滑动”引物序列，实时显示其特性，使用户能够可视化定位寡核苷酸的最佳位置。
6、编辑模板序列
可以编辑模板序列。可以使用标准的剪切/复制/粘贴功能修改基底，以将感兴趣的位置归零。不需要的序列区域可以通过选择它们并单击“删除”来删除。该程序还允许用户为序列添加注释或注释以供将来参考。
7、序列视图
所选序列可以以每块 3 或 10 个碱基、单链或双链进行查看。设计引物有标记，意义引物为蓝色，反义引物为红色。选定的 SNP 标记为粉红色。同源区域以黄色突出显示，参与模板结构的碱基带有下划线。您可以将“序列视图”与引物设计结果一起导出为csv或HTML格式。
8、生成报告
您可以为实验室笔记本和与同事共享信息而设计的检测创建演示质量报告。该报告可视化了引物在序列上的位置，包括替代引物的列表，显示引物、扩增子和序列属性以及引物设计程序使用的设计参数。
9、本地和桌面 BLAST 选项
您可以使用“本地”和“桌面 BLAST”选项针对本地自定义数据库对序列进行 BLAST。在计算机上创建文本或 FASTA 格式的序列数据库，然后从 Primer Premier 中打开查询序列。然后将结果用于引物设计。如果您不想在 Internet 上提交数据，或者您正在处理未发布的信息，则此支持特别有用。
10、计算器
内置计算器可计算 GC%，显示碱基计数，并使您能够获得互补和反向互补链。
11、数据和数据库管理
可以创建多个项目。通过为每个实验创建单独的项目，可以轻松管理多个实验的数据。维护序列信息和搜索结果的本地数据库。
使用帮助
1、新建
打开Primer5，依次点击“file”——“new”——“DNASequence”，新建操作界面。
2、输入模板基因
复制基因模板后，使用键盘快捷键“Ctrl+V”将下载的引物模板粘贴到空白框内，然后选择“Asis”，点击“OK”。
3、SearchPrimer
找到界面左上角“Function”——“Primer”，在新跳出的界面上点击“Search”，需要设置相应的条件，才能开始搜索。
4、条件设置
点击“Search”后，又跳出一个界面，我们从上到下依次设置：“SearchFor”选择“PCRPrimers”；“SearchType”选择“Pairs”；“SearchRanges”要根据不同的情况而定，一般来说选择基因全长，如“1”——“1683”；“PCRProductSize”一般鉴定选择300-500，测序选择1200-1600，不能超过基因全长；“PrimerLength”一般为20+(-)2。
5、点击两次“OK”
条件设置完毕后，点击“OK”，跳出新的界面后再点击“OK”，最后跳出软件为你选择的按照合成率从高到底的全部引物序列。
6、引物选择
将引物表与左侧表格结合起来进行引物的选择。从小编设计的引物表中看到，最高合成率为88，其对应的左侧表中均出现“Dimer”和“CrossDimer”，说明此引物不甚理想。最佳的情况为“Hairpin”、“Dimer”、“FalsePriming”和“CrossDimer”都不出现，也就是100合成率。
7、重新设置条件
如何引物不甚理想，那么就需要重新设置引物的各个条件，尤其是“SearchRanges”的选择，需要我们再次点击“Search”，跳出条件设置界面后重新设置。
8、选择理想引物
经过多次的不断更改和设置后，最终选出较为理想的一对引物，合成率最好在98以上，四种状况均不出现为好。