qbase+最新版是一个专业且强大的qPCR分析评估软件!对有这方面需要的专业人士来说是比较稳妥可靠的,它的分析结果也是相对比较准确,而且自动化的优势意味着用户只需要输入数据,就能进行所有你想要的分析和计算,而且完美符合标准规则,不必浪费时间在过程中的公式和手动操作上,合并了这个过程,您只需要等待结果就行,节省时间的同时和避免不必要的手动错误!最后您还可以获得一个详细的报告以便您可以更好的了解您获得的结果。
功能特色
1、标准化策略
Jan Hellemans和Jo Vandesompele的可持续研究方法带来了一套革命性的标准化方法。这些方法已在qbase+中实现,以适应各种有特殊需求的实验:
多参考基因归一化,它考虑了多个稳定表达的参考基因,可将大多数实验可靠地归一化
全局平均归一化检查所有目标的归一化,可用于测量大量无偏基因的实验(例如全基因组miRNA分析)
用户定义的归一化因子,可基于用户提供的值进行归一化
2、质量控制
在得出结论之前,必须评估qPCR后数据的质量并丢弃不符合预定义标准的数据点。qbase+是此过程中的关键工具,可提供多种类型的质量控制:
稀释系列的扩增效率评估
控制PCR复制变异
阳性和阴性对照样品的评估
确定参考基因表达的稳定性
偏离样本归一化因子的评估
批间校准的质量控制
样品质量控制(平均表达水平,表达的基因比例)
3、统计
集成的统计分析向导消除了对生物统计学的深入了解的需要。进行qPCR分析的生物学家无需统计学家的帮助即可生成和解释统计结果。
4、批间校准
每当需要比较在不同运行中测得的样品时,都应注意潜在的偏差。批间校准是一种计算程序,用于检测和消除(通常是低估了)批间差异。
强烈建议将qbase+用于此类数据处理:
避免计算错误
使用正确的错误传播
可以使用多个运行间校准器进行运行间校准,这使其更加准确并允许质量控制
归一化后进行运行间校准,从而允许从运行间校准物RNA样品中重新合成cDNA
5、CNV分析
在单个程序中进行质量控制,规范化,副本号调用和可视化:
可以使用多个参考样本进行更准确的副本编号调用
可以使用具有不同拷贝数的参考样品
用户定义的阈值,用于普通副本号码呼叫的上下边界
每个样本显示的拷贝数
有条件的条形着色便于检测基因拷贝数变化
6、MIQE和RDML
所述的目的中号的最小值:我载文信息对的公开Q的定量的实时PCRëxperiments准则(比斯坦等人,临床化学,2009年)是提供作者,评审和编辑具有规格为必须报告的最低限度的信息qPCR实验。MIQE确保其相关性,准确性,正确的解释和可重复性。
使用qbase+可以轻松执行严格的MIQE兼容过程。它引导您获得最高质量的结果。经过分析和注释的实验可以轻松导出到RDML文件,该文件可用作发布的补充数据。
7、开放格式
无论您使用哪种qPCR仪器或计算机操作系统。无论您执行哪种实验。qbase+提供了优雅的解决方案:
适用于Windows,Mac和Linux
接受大多数实时PCR仪器中具有Cq值的导出文件:
应用生物系统:5700、7000、7300、7500、7900,StepOne,StepOnePlus,ViiA7,OpenArray
伯乐(Bio-Rad):iCycler,iQ5,MyiQ,Opticon,Opticon2,MiniOpticon,Chromo4,CFX96,CFX384
Corbett研究:Rotor-Gene 2000,Rotor-Gene 3000,Rotor-Gene 6000
Eppendorf:Mastercycler EP Realplex
Fluidigm:BioMark
Illumina:生态
Qiagen:转子基因Q
罗氏(Roche):LightCycler轮播,LightCycler 480,LightCycler 1536,LightCycler 96
Stratagene/安捷伦:MX3000P,MX3005P,MX4000P
Wafergen:SmartCycler
3种通用的乐器独立格式
允许轻松导出数据,以方便数据交换,存储和发布
8、geNorm
geNorm是在给定的实验条件下从一组经过测试的候选参考基因中找到稳定参考基因的最流行算法。由此,可以基于所选参考基因的几何平均值计算每个样品的基因表达归一化因子。
与Microsoft Excel的前身相比,geNorm的qbase+实现提供了五个重大好处:
全自动计算
处理丢失的数据
专家报告可深入了解您的结果
允许对候选参考基因进行排名,直至单个最稳定的基因
快二十倍