闪电下载吧Schrodinger Suite是完整的药物研究软件套件！提供完整的工具包，包括蛋白质结构预测、配体研究分析、蛋白质活性区域内的反应机制、药效建模预测等等，每一个工具都为用户进行分子设计提供强有力的支持，增强药物研究发现和材料工作流程，更精准的计算，更高的性能，对研究中遇到的各种问题轻松解决。构建、编辑、运行和分析分子，并且持续进行增强和改进，在小分子药物发现、生物制品、材料科学和发现信息学领域提供理想的解决方案
功能特色
一、平台环境
1、Maestro图形界面
在状态栏中动态显示基于选定原子的测量值
从三维工作空间中的现有分子复制片段，并将其粘贴到另一个分子中的选定原子上
使用工作区分辨率从轨迹查看器导出电影
使用正则表达式在条目列表中搜索以获得更高的精度。同时搜索多个结构
将药效团标签字体与Maestro字体偏好对齐
在结构层次中显示T细胞受体注释
将散点图中的数据点选择与项目表选择和/或包含的工作空间自动同步
在单个散点图中显示不同组的数据
2、力场
新的OPLS5力场：通过在相对结合FEP+和Desmond（β
3、工作流和流水线[KNIME扩展]
支持最新版本的KNIME（v5.2）
Chemistry外部工具节点支持新的FEP+列类型，该类型指向由FEP+读取器节点读取的fmp文件
二、绑定位置和结构分析
1、网站地图
更准确地鉴定RNA结合位点，HARIBOSS集合中89%的RNA位点现在被SiteMap鉴定为排名第一的结合位点，高于之前的69%（β）
新的SiteMap参数用于分离相互渗透或穿过蛋白质表面的大口袋，并识别较小的不同位点（仅限命令行）
2、混合溶剂MD（MxMD）
支持膜系统
三、配体制备
1、主动学习应用程序
通过水平缩放多样性选择，考虑最多3倍以上的化合物，增强AL Glide的多样性选择
通过使用ZMQ（仅限命令行），显著提高了AL Glide中的LigandML预测吞吐量（测试版）
在AL Glide中更快地将文件上传到DriverNode（仅限命令行）（测试版）
2、配体对接
使用Glide（β）将小分子对接到RNA受体时，改进了姿势预测和富集
四、潜在客户优化
1、FEP+
支持通过FEP+面板在RB-FEP中设置位置约束
使用OPLS5提高RB-FEP精度的能力
改进的轨迹管理允许PT中多条边的轨迹
2、蛋白质FEP
多位点突变对热稳定性预测的支持
恒定pH模拟
使用面板支架支持Lys-pKa计算
3、溶解度FEP
改进的轨迹可视化
最佳实践文档链接
Web Service对力场生成器的支持
4、FEP协议生成器
使用FEP协议生成器快速识别FEP+模型参数，使用自动机器学习驱动的工作流优化FEP+准确性
通过让FEP协议生成器探索参数空间来识别和可视化FEP+模型性能的最佳参数，从而节省研究人员的时间
通过对参数空间的有效探索，为具有挑战性的系统找到FEP模型
满怀信心地继续在您的计划中前瞻性地使用FEP+
设置FEP协议优化计算的接口，将配体自动分配到测试/训练集中
通过FEP+相关图分析参数对FEP模型性能的影响并比较协议性能的接口
5、量子力学
在Jaguar中执行波函数稳定性分析
用Jaguar光谱学生成19F同位素的NMR化学位移和光谱
如果在Jaguar中发现奇数个电子，则自动设置多重性（multip=2）
使用新的rotation_barriers.py脚本搜索atropisomer（仅限命令行）
更健壮、更高性能的E-sol工作流程，适用于LiveDesign和命令行执行
用鼠标右键单击修改多个条目的理论水平和基础集
五、医学化学设计
韧带设计师
新的环交换工作流程，通过探索替代环支架来优化铅化合物（β）
六、生物制品药物发现
向文库中添加430种新的非天然氨基酸，用于肽设计
界面改进以加快残基扫描产生的蛋白质突变结果的分析
使用蛋白质-蛋白质相互作用分析小组（公测版）分析结构集合，如PIPER对接结果和MD轨迹
当使用align_antibody.py脚本进行抗体结构比对时，指定五种编号方案之一的新选项，Chothia、Kabat、IMGT、Enhanced Chothia或AHo
七、材料科学
1、Quantum ESPRESSO的GUI
产品：Quantum ESPRESSO（QE）接口
来自结构数据的磁化输入（命令行）
固态NMR光谱的结果查看器
NEB会聚监视器：显示相对/激活能
用于提高收敛性的K点网格的自动移位
在工作空间中计算和可视化潜在曲面的选项
声子态密度查看器：支持介电常数
通过波函数数据的智能管理加快NEB计算
2、KMC充电移动性
产品：MS Mobility
计算KMC电荷迁移率：基于质心距离计算的电荷转移
3、材料信息学
产品：MS Informatics
公式ML：支持缺少组件名称/SMILES的输入数据
公式ML：添加了对Set2Set和基于图的模型和描述符的支持
公式ML：删除高度相关描述符的选项（命令行）
公式ML：控制训练集大小的选项
公式ML：支持分类模式
公式ML：基于Shapley加性解释（SHAP）的特征重要性分析
机器学习特性：预测模型的改进可供下载
机器学习特性：氧化和还原电位的预测
MD描述符：支持以配方为中心的描述
4、粗粒（CG）分子动力学
产品：MS CG
粗粒度力场生成器：自动将原子系统映射到Martini粒子（命令行）
粗粒度力场生成器：拟合Martini参数（命令行）
5、反应性
产品：MS反应性
纳米反应器：改进的默认设置
纳米反应堆：加速xTB频率计算
Nanorector：改进的产品重复数据消除算法
纳米反应器：改进的并行化算法
纳米反应器：去除高能产物的选择
纳米反应器：用于排序订单产品的xTB自由能
自动反应工作流：防止排列中的过度平衡常数计算
6、微观动力学
产品：MS微动力学
微观动力学建模：支持分析Jacobian的使用
微观动力学建模：指定碰撞因子的选项
微观动力学建模：未达到稳定状态的病例返回结果
微观动力学建模：从输入反应网络中列出化学方程的选项
