SCIGRESS Suite是功能强大的计算机辅助分子设计 （CAMD） 建模工具！使用旨在为用户提供一个完整的分子设计以及建模和动力学软件的套件，提供更多的可视化工具来加速您的创建新结构的过程，提高生产力，可根据需要轻松管理和计算所有的实验以及数据，准确计算并且不需要专门的学习和掌握丰富的技巧，更好的模拟并对您的想法进行研究和测试，避免现实实验中的资源投入和浪费
安装激活教程
1、在本站下载并解压，如图所示
2、安装程序，勾选接受协议选项
3、安装目录设置
4、安装完成，复制 LICENSE4J-Runtime-Library.jar 文件到 C:\Program Files\Fujitsu\SCIGRESS Suite\lib 目录
5、运行程序，选择Scigress.l4j授权文件进行激活
软件优势
1、几何优化—系统分析倍数构象
如果您需要分析未知的结构几何，最好的地方首先是探索低能耗化学样品的构象。反应通常从最低的能量开始构象或有时从几个低能量中的任何一个构象低相互转换的障碍。SCIGRESS使生成和分析任意数字低能耗几何。
2、电子属性-分布概率和可视化
有时，分子的特征可以是根据它的一些物理性能。重要特性由SCIGRESS估计包括部分费用、保证金有序，电子密度分布和分子轨道形状。
3、模拟运动-动态模型
因为分子不是静态的，所以可能有必要模拟运动了解一些问题。这方法是最经常用于对形状大分子。
4、建模r Eaction Pathways-动画过渡状态
反应建模成功的关键是定位低能量从反应物到产物的途径。SCIGRESS模型过渡状态，以帮助澄清两者之间选择替代途径。通过比较计算激活能量，选择替代攻击模式变得明显。动画以下分子预测的通路可能揭示意想不到的构象或电子变更。
功能特色
一、功能性
1、普通化学：
构建和优化小分子的几何形状。
构象分析的各种方法。
电子属性计算（电荷、轨道、电子密度、对特定物质的反应性等）。
反应建模（过渡状态搜索、反应路径计算）。
光谱学（UV、IR、NMR）。
2、生物化学与药物设计：
导入、修复和优化蛋白质结构。
通过对接筛选化合物库，包括量子对接。
使用QSAR构建和应用ADMET模型。
3、材料科学。
二、理论水平
1、分子力学：
MM2、MM3 力场，用于对几乎任何系统进行快速预优化。
2、量子半经验：
方法：MINDO/3、MNDO、MNDO/d、AM1、PM3、PM5、PM6、RM1、PDDG/MNDO、PDDG/PM3。
光谱学：ZINDO、INDO/S、CNDO/S、CNDO/S2、CNDO/S3、CNDO/1、CNDO/2、INDO/1、INDO/2。
一般化学和有机化学的溶剂效应（COSMO模型，Onsager模型）。
用于蛋白质优化和对接的线性缩放半经验方法。
3、DFT：D-VWN、D-PW92、B88-PW91、PW91-PW91、B88-P86、B88-LYP。
4、轨道基础：3-21G、3-21G（p）、6-31G、6-31G（p）、6-31G（p，d）、DZVP、TZVP。
5、分子动力学 – 超过100个力场，适用于材料、有机体系、聚合物和其他：
有机：琥珀色、CC、Dreiding、KKY、Klein-McDonald、有机、MM2、MOMEC、OPLS、SPC、TIP。
无机：
2-身体：Born-Mayer-Huggins、Erkoc、Johnson、Kawamura、Lennard-Jones、Morse。
三体：Justo、Marks、Stillinger-Weber、Tersoff。
EAM：Ackland，Finnis-Sinclair，Grujicic-周，远程Finnis-Sinclair，Oh-Johnson，Rosato-Guillop-Legrand，紧绑，Voter-Chen，Yang-Johnson。
三、1、集成、直观、面向属性的 GUI，用于构建分子和大型系统：
自动 2D -> 3D 转换，带氢气添加。
流行的有机分子库。
蛋白质编辑器/肽生成器。
水晶制造商。
分子动力学系统（固态、液态、非晶态、聚合物、液晶等）的构建器。
2、作业提交、数据检索和分析的全自动流程：
只需按一下按钮，即可运行本地和远程计算。
多步骤模拟。
用于批处理作业和全自动QSAR分析的化学电子表格。
3、项目资源管理器，用于跟踪输入和输出文件之间的关系。
4、计算属性的图形表示形式：
具有高度可定制渲染选项的分子编辑器/可视化工具。
交互式光谱。
交互式势能图。
轨道和其他电子结构特征可视化。
兼容硬件上的立体 3D 可视化。
5、一套易于定制的预定义程序，用于常见计算。
6、与外部计算引擎的无缝接口，包括免费和商业计算引擎：
阿姆斯特丹建模套件。
AutoDock（工具和 Vina）。
CONFLEX的。
游戏。
高斯。
LAMMPS的。
MOPAC的。
量子浓缩咖啡。
使用说明
使用SCIGRESS进行实验
以下过程总结了如何运行实验科学：
B将您的分子放入化学样品文件中，然后从不同的角度查看通过移动它来透视在屏幕周围，在三维空间中旋转它，并扩展它。
SCIGRESS使用化学样品文件来显示和救分子和相关数据。创建新化学品示例文件，菜单和3D结构窗口选项启用你到修改和操作分子结构，所以你能查看您的样品许多不同的角度。
回顾您对化学样品的了解以及你想要的学习。
一个好的解决问题的技巧是写下来你所知道的一切在尝试之前先了解问题解决它。然后列出清单您想要的属性自发现/发现。
你可以问自己很多关于你的特定项目。它不是你拥有的答案在那一刻重要，但事实是你已经看过了解决您的问题足够接近知道什么答案会有所帮助你。
基于您的化学样品和特性你感兴趣的是，执行SCIGRESS过程生成所需的数据。
在选择过程设置时，请记住在最案例标准设置是一个好地方开始。
您可以对化学样品执行程序及其构象，或在原子或键上。您可以还发现一个过渡状态和反应路径化学反应两者之间样品。
应用于样本的数学模型在以下情况下你执行过程由SCIGRESS提供计算应用。
完成运行程序后，采取看看结果使用中提供的工具科学。
可以从化学样品文件中查看一些结果。例如原子部分电荷或键等特性应变罐通过着色或缩放原子和键来查看。表示计算出的电子属性的等值面可以叠加在3D结构中的分子上窗。
其他过程生成单独的文件，例如映射文件，您可以查看和分析实验数据形式可操作的三维图形在与化学样品文件中的分子相同。为例如，您可以为一系列低能量动画在查看相应值时的构象能量图，或围绕x、y和z旋转图轴。
利用所学知识来计划新的实验或创建新的化学样品。
1、工作区过程
您可以使用SCIGRESSWorkspace应用程序构建并查看您的分子及其性质和研究分子几何学。您运行的过程使用SCIGRESSWorkspace应用程序使您能够探讨：
化学样品
一个原子
债券
化学样品构象
一个化学反应
通过过程浏览器，您可以访问各种程序参数和计算应用。
2、化学电子表格程序
使用化学电子表格对几种化学品样品一次或进行统计分析化学样品，包括基于可自定义的方程式。
3、有效使用SCIGRESS
以下部分概述了这些过程和提供的功能由SCIGRESS提供，具体取决于您的研究要求。
使用Workspace应用程序可以：
构建和查看您的分子及其性能
研究分子几何学
执行可帮助您可视化的过程分子性质
例如，工作区过程产生三维图像可以旋转，一系列您可以的构象动画和表面叠加在分子上表示电子性能。
工作区提供的过程不可用化学的电子表格，例如：
能量图和构象序列使您能够查看和制作动画低能量构象
原子和键实验，使您能够视图着色为表示属性或值
电子分布实验，创造分子表面指示反应性，静电势，和分子轨道能量
使用化学电子表格可以：
对几个一次化学样品
对实验进行统计分析结果，包括多个线性回归逐步前进和后退回归，以及可定制的代数方程
查看实验计算值适用于多种化学品同时示例文件时间
创建结果的散点图要查看的实验和分析您的趋势数据
在电子表格中显示实验结果您可以修改和自定义
查看和分析实验数据列几种化学品一次样品使您能够建立数学一组数据与另一个，因此协助：
通过比较校准过程测量结果关于特定仪器和已知标准结果
定量结构的计算活动关系（QSAR）分子之间结构和药理活性，以及定量的结构属性关系（QSPR）分子结构和沸腾等特性点，辛醇-水分配系数，和偶极矩
您可以使用化学电子表格来执行各种操作程序，如：
原子和键计数
A的净正电荷和负电荷分子
分子特性，如分子分子式、重量和折射率
元素分析计算百分比每个元素的重量
戒指数量和尺寸
零阶、一阶和二阶分子连通性指数
零阶、一阶和二阶价连通性指数
偶极矩和偶极向量X、Y和Z
电介质、空间和总能量结构
电子亲和力
形状索引顺序1、2和3
辛醇水分配系数
可以对整个化学品执行程序样品，或化学样品原子等成分，键和分子轨道。
4、定制程序
SCIGRESS允许您创建自己的程序和更改参数默认设置中的设置随附科学。
您可以执行广泛的功能。这些功能包括：
通过添加、删除或移动步骤
修改ComputeEngine设置